Onaylanmış kuruluşların yükümlülükleri aşağıda belirtildiği gibidir:
a) Görevlendirildiği mevzuat ve uygunluk değerlendirme işlemleri kapsamında gerçekleştireceği uygunluk değerlendirmesi faaliyetlerini doğru, eksiksiz ve süreklilik arzedecek bir şekilde yerine getirmek,
b) Yapılan değerlendirme sonucunda uygun bulunan ürünlerin, mevzuatta belirtilen usule uygun olarak uygunluk değerlendirmesi işlemlerini yapmak,
c) Yaptığı tüm işlemlere ve verdiği belgelere ilişkin gerekli tüm kayıtları tutmak ve bunları gerekli hallerde Bakanlığın incelemesine sunmak,
d) Belirlenen prosedürler ve yetkilerinin kapsamı içinde faaliyetlerini sürdürmelerini etkileyecek her türlü değişikliği Genel Müdürlüğe bildirmek,
e) Sözleşme yaptıkları yüklenici kuruluşlara ilişkin tüm bilgileri kayıt ve muhafaza etmek ve bu bilgileri Genel Müdürlüğe bildirmek,
f) Başvuru sahibinin, gerçekleştireceği uygunluk değerlendirmesi faaliyetleri sonucunda herhangi bir ürüne ilişkin belgelendirme talebinin reddedilmesi veya ürüne ilişkin bir onayın verilmemesi ya da önceden belgelendirilmiş bir ürünün belgesinin iptal edilmesi durumlarında; onayın reddi ya da geri çekilmesi kararına ilişkin gerekçeleri detaylı bir şekilde üreticiye, Genel Müdürlüğe ve Türkiye ve Avrupa Birliği’nde faaliyet gösteren diğer onaylanmış kuruluşlara bildirmek,
g) Faaliyetleri ile ilgili her türlü bilgi ve belgeyi, on yıl süresince muhafaza etmek ve talep edilmesi halinde, yetkili kuruluşlara ibraz etmek.